Салық кодексінің 348-бабына сәйкес "Салық және бюджетке төленетін басқа да міндетті төлемдер туралы "Қазақстан Республикасының Кодексін қолданысқа енгізу туралы" ҚР Заңының 33-бабына сәйкес медицинаға арналған салықтық шегерім медициналық көрсетілетін қызметтерге (косметологиялықтан басқа) қолданылады.

Медицинаға арналған салықтық шегерімді Қазақстан Республикасының резидент жеке тұлғасы өз пайдасына жұмсалған медицинаға арналған шығыстар бойынша қолданады.

Медицинаға арналған салықтық шегерім күнтізбелік жылға айқындалған ең төменгі есептік көрсеткіштің 94 еселенген мөлшерінен аспайтын мөлшерде қолданылады.

Бұл ретте медицинаға арналған салықтық шегерімнің және осы Кодекстің 341-бабы 1-тармағының 18) тармақшасына сәйкес жеке тұлғаның медициналық көрсетілетін қызметтерге (косметологиялықтан басқа) шығыстарын жабу үшін кірісті түзетудің жалпы сомасы жиынтығында күнтізбелік бір жылда республикалық бюджет туралы заңда белгіленген және тиісті қаржы жылының 1 қаңтарына қолданыста болатын ең төменгі есептік көрсеткіштің 94 еселенген мөлшерінен мөлшерінен аспауға тиіс.

Медицинаға арналған салықтық шегерімді қолдану үшін мыналар растайтын құжаттар болып табылады:

1) жазбаша нысанда жасалған жағдайда – медициналық көрсетілетін қызметтердің құны бөліп көрсетілген, ақылы медициналық қызметтерді көрсетуге арналған шарт;

2) медициналық көрсетілетін қызметтердің құны туралы ақпаратты қамтитын ауру тарихынан үзінді көшірме;

3) ауырған жағдайдан ерікті сақтандыру шарты бойынша медициналық көрсетілетін қызметтерді төлеу фактісін растайтын құжат.

Медициналық көрсетілетін қызметтерге ақы төлеуге арналған шығыстар бойынша салықтық шегерімдер неғұрлым кеш болатын мынадай күндердің біріне тура келетiн салықтық кезеңде қолданылады яғни, медициналық көрсетілетін қызметтерді алу күні немесе медициналық көрсетілетін қызметтерге ақы төлеу күні.

Қазақстан Республикасының шегінен тыс жерде ұсынылған медициналық көрсетілетін қызметтерге шетел валютасымен ақы төленген кезде  шығыстарды теңгемен қайта есептеу төлемді жүзеге асыру күніне Қазақстан Республикасы ұлттық валютасының шетел валюталарына ресми бағамы қолданыла отырып жүзеге асырылады.